Philipp Franz von Siebold es considerado uno de los padres de la ciencia de estilo occidental (o estudios holandeses, rangaku 蘭学) en Japón. Enseñó medicina, ciencias, botánica y más, y fue el padre de la primera doctora de Japón. Hay un monumento en su honor al norte de Nagasaki, cerca de la escuela que fundó.
El centro es una réplica de su casa en los Países Bajos y está construido en el antiguo emplazamiento de una de sus clínicas. En su interior se pueden encontrar cosas que le pertenecen, información sobre su árbol genealógico y su vida en general. El museo también cubre el incidente de Siebold, que se refiere a su exilio de Japón después de intentar sacar mapas de contrabando del país.
Después de su exilio, Siebold estableció la Sieboldhuis en Leiden, donde se conservan muchos artefactos japoneses hasta el día de hoy. Dejó atrás a su pareja y a su hijo.
